一部アプリケーションでは終了してから次の処理に進むという、同期処理が実装できないようです。
bat上でPowerShellコマンドを使用することで解決しました。
(Start-Processコマンドに-Waitオプションを付与）
BAT (Batchfile)
rem 同期がとれないため、PowerShellのStart-Processコマンドを使用
PowerShell -command Start-Process ms-quick-assist: -Wait